生物医学工程系成立于2011年10月，现代工程与应用科学学院国际院长聂书明教授亲自担任系主任，现有全职教职员工12位，包括中组部千人计划教授1名，青年千人8名，江苏省特聘教授1名。另有产业教授2名，专职科研队伍10名。

自2012年起，生物医学工程系开始本科招生，2016年开始硕士招生。系内所有专任教师均有海外研学经历，是现代工程与应用科学学院国际化的排头兵，目前开设了4门全英文授课的国际化课程（Problem Based Learning、生物医学工程导论、分子生物学、细胞生物学）。同时与美国俄亥俄州立大学工学院合作，定期举办国际工程设计主题本科生夏令营，每年夏天互换学生交流；与南京沃福曼医疗科技有限公司合作设立了“Forssmann南京大学生物医学工程国际交流基金”和“南京大学Forssmann生物医学工程论坛”，通过走出去、请进来等方式邀请研究专家、临床医生、行业精英等与同学交流，拓展视野，开阔眼界。

目前，生物医学工程系建有“气溶胶（雾霾）生物效应与健康中心”、“江苏省微创伤介入医疗材料工程技术研究中心”等多个研究中心，除了鼓楼校区的实验室外，还在江苏生命科技创新园建设了“南京大学-江苏生命科技创新园生物医学技术转化研究基地”，与南京市鼓楼医院、南京军区南京总医院、江苏省肿瘤医院、南京市口腔医院等临床单位开展了广泛的合作。

生物医学工程系正不断引进人才，力争成为国际化、小而精、特色鲜明、有影响的生物医学工程学科人才培养和科学研究的基地。

•生物材料、组织工程与再生医学

•分子设计与工程、合成生物学

•纳米材料与纳米医学

•医学影像、器件与微创医疗技术